Однако очень часто вместе с очисткой антигенов теряется и значительная часть их протективной активности.
По всей видимости, это связано с тем, что вещества, входящие в состав примесей, могут выступать в качестве активных адъювантных (иммуностимулирующих) компонентов. Кроме того, эффективнее тот препарат, где в качестве протективных антигенов используется не один, а несколько факторов патогенности. Это значительно надежнее блокирует процессы патогенеза возбудителя. В связи с этим стремление к тщательной очистке порой оказывается неоправданным.
Более того, часто факторы патогенности, выполняющие одни и те же функции, могут присутствовать в нескольких антигенных вариантах (изо-формах). Поэтому нейтрализация системой иммунитета одних факторов совершенно не означает, что организмом будет обязательно нейтрализована вся патогенная функция возбудителя. Она может быть реализована за счет других антигенных изоформ. В этом случае протективный эффект отсутствует.
В связи с целенаправленным выделением протективных антигенов и их дальнейшей очисткой молекулярные вакцины, созданные на базе очищенных протективных антигенов, обладают довольно низкой реактогенностью, токсичностью и аллер-гизируюшей активностью. Вместе с тем, их иммунизирующая способность также слабее, чем у живых вакцин. Поэтому они практически всегда нуждаются в усилении этой функции.
