Многие родственные группы патогенных микроорганизмов имеют многочисленные структурные варианты одних и тех же факторов патогенности. Это также можно рассматривать как вариант антигенного дрейфа, только значительно менее интенсивный. Например у E.coli имеется много серовари-антов. При этом антисыворотка или вакцина к определенному сероварианту довольно эффективно предотвращает развитие болезни, вызываемой именно этим вариантом E.coli. Но эффективные вакцины, которые создавали бы устойчивость ко всем штаммам E.coli, пока не созданы.
В-шестых, патогенез некоторых инфекций (например при-онных) еше просто не изучен, что и не позволяет сформулировать подходы для создания вакцин против этих болезней.
Большую проблему представляет собой необходимость ревакцинаций, особенно многократных. При этом нарастает опасность аллергизации организма и более ярко проявляются другие побочные эффекты.
Кроме того, каждая вакцинация является определенным стрессом для иммунной системы. Полагают, что в условиях, когда вакцинации проходят очень часто, могут возникать предпосылки для развития вторичных иммунодефицитов, аллергий и других нарушений иммунной системы.
Все эти и ряд других проблем пытается решать современная вакцинология.
