Нейтрализация источника заражения заключается в его изоляции и интенсивном лечении с последующим контролем на отсутствие носительства возбудителя. В продуктивном животноводстве это может быть выбраковка и убой носителей инфекции.
Отдельно стоит вопрос о бытовых грызунах (крысах и мышах), которые служат источником инфекции для людей и животных (иногда их неправильно относят к факторам передачи). В эпидемических очагах довольно часто рекомендуется проведение дератизационных мероприятий, направленных на полное уничтожение всех грызунов.
В медицине особенно эффективны мероприятия по нейтрализации источника инфекции, когда единственным источником болезни человека служат больные животные и продукты животноводства. Это характерно для таких зоонозов как сибирская язва, бруцеллез, сальмонеллез и другие. Что касается самой популяции животных, то в ней эффективными могут оказаться совсем другие мероприятия — вакцинации, например.
Изоляция источника заражения достигается при помощи различных карантинных мероприятий, благодаря которым резко ограничиваются контакты больных и здоровых особей в популяции, В медицинской практике значительную роль в изоляции источника инфекции играет госпитализация больных людей с последующим проведением соответствующего лечения.
В наиболее опасные периоды интенсивному воздействию химиотерапевтических и иммунных препаратов (вакцин, сывороток, иммуностимуляторов) могут быть подвергнуты не только выявленные больные, но и определенные группы риска. Это позволяет уменьшить количество источников заражения и снизить интенсивность выделения возбудителя во внешнюю среду.